سامانه مکاتبات اداری، که عموماً با عنوان «سامانه اتوماسیون اداری» شناخته می‌شود، یکی از پرکاربردترین سامانه‌های مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه به شمار می‌رود. این سامانه در سال ۱۳۸۶ با هدف تسهیل و الکترونیکی نمودن مکاتباتی که پیش از این به صورت دستی و نوشتاری انجام می‌شد، راه‌اندازی گردید.

این اقدام در راستای ایجاد زیرساخت لازم برای رسیدن به اهداف کلان راهبردی مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه صورت گرفت؛ با حذف کاغذ و برچیدن روش‌های سنتی، سرعت امور اداری به طور چشمگیری افزایش یافت، ضریب اطمینان و دقت در ثبت و پیگیری مکاتبات بالا رفت و اسناد به صورت منظم سازماندهی شدند. این سامانه به طور خاص گامی مؤثر در جهت راهبرد حفظ محیط زیست (با کاهش مصرف کاغذ و آلودگی‌های مرتبط) و نیز گسترش محیط حمایتی (با ایجاد دسترسی آسان و شفاف به اطلاعات) برداشت.

در این سامانه، ثبت و گردش کلیه مکاتبات سازمان به صورت الکترونیکی انجام می‌پذیرد و امور دبیرخانه واحدهای مختلف مرکز مدیریت با امنیت بالا و کاربری آسان مدیریت می‌گردد. در صورت نیاز، تصویر اصل نامه‌ها و هر گونه سند دیگری نیز به روش الکترونیکی در سیستم آرشیو می‌شود.

پس از گذشت نزدیک به دو دهه از راه‌اندازی اولیه، این سامانه همچنان فعال و مورد استفاده گسترده قرار دارد. اخبار و گزارش‌های مرتبط نشان می‌دهد که در سال‌های اخیر، به‌روزرسانی‌ها و ارتقاهای متعددی در آن انجام شده است. این سامانه بخشی از مجموعه خدمات الکترونیکی مرکز مدیریت است که با هدف تحول دیجیتال در ساختار حوزوی، کاهش هزینه‌های اداری، افزایش بهره‌وری و همسویی با سیاست‌های دولت الکترونیک کشور راه‌اندازی و توسعه یافته و امروزه در ستاد مرکزی، معاونت‌ها و بسیاری از مدیریت‌های استانی حوزه‌های علمیه برادران و خواهران به طور کامل عملیاتی است. برخی از مزایا و امکانات این سامانه عبارت است از:

• تعریف و ثبت طرف مکاتبات سازمان؛ اعم از اشخاص،مراکز مدیریت ستادی و استانی، مدارس و مراکز حوزوی
• ایجاد گروه ارسال و تنظیم دسترسی­های مربوط به آن
• تعریف و فعال نمودن امضا در اتوماسیون اداری
• ایجاد دسترسی تفویض اختیار
• قابلیت تعریف بایگانی شخصی و عنوانی
• ایجاد کارتابل مسئول ثبت و دفتر ثبت
• امکان ثبت نامه ­ها و پیوست­های یک نامه؛ اعم از عطف، پیرو و…
• امکان دسترسی به نامه­های پیرو و عطف، در هر مکاتبه